История Национального оператора научно-исследовательского флота (НацОНИФ) начинается с 1973 года, с создания Отдела научно-исследовательского флота при Дальневосточном научном центре Академии наук СССР (ОНИФ ДВНЦ АН СССР).

Распоряжением Президиума ДВНЦ АН СССР от 18 апреля 1973 года № 155 была определена штатная численность отдела 12 человек, с передачей на баланс 14 судов, большая часть которых представляла собой рыболовные сейнеры, направленные из Министерства рыбного хозяйства СССР. Одним из первых судов, на котором с 1974 года стали выполняться регулярные экспедиционные рейсы, стало НИС «Калисто» 1964 года постройки.

Первым начальником ОНИФ ДВНЦ АН СССР был назначен АНИСОВ Андрей Андреевич. У истоков образования будущего Управления стояли: капитан - наставник НОЗДРИН Геннадий Тихонович, механик - наставник ФЁДОРОВ Глеб Фёдорович, инженер по судоремонту МАРКЕЛОВ Юрий Алексеевич, наставник по радиосвязи ДУДКА Василий Петрович и секретарь - машинистка БАЛАБАЕВА Лидия Васильевна.

С 1974 года в состав ОНИФ ДВНЦ АН СССР начали регулярно поступать суда, как из других ведомств, так и вновь построенные. В состав Отдела флота вошли НИС «Геолог», НИС «Наука», НИС «Гайдар», НИС «Первенец», НИС «Борей», НИС «Морской Геофизик», НИС «Поиск» и плавучая мастерская «ПМ-412».

В 1975 году в порту Владивосток был построен и сдан в эксплуатацию причал для судов ОНИФ ДВНЦ АН СССР, расположенный в районе ул. Калинина, д. 45.

В 1976 году в ОНИФ ДВНЦ АН СССР поступили вновь построенные суда: НИС «Бриг», НИС «Вулканолог», а также НИС «Профессор Богоров». В 1977 году на баланс был принят НИС «Берилл», а в 1978 году – НИС «Аметист». В 1979 - 1980 годах из Министерства Обороны СССР были переданы НИС «Гидронавт», НИС «Квант» и НИС «Кварц». В состав научного флота стали поступать новые научно-исследовательские суда специальной постройки. Так, на верфях Польской Народной Республики были построены НИС «Академик Александр Несмеянов» (1982 г.) и НИС «Академик Александр Виноградов» (1983 г.), на верфях Финляндии – НИС «Академик М.А. Лаврентьев» (1984 г.) и НИС «Академик Опарин» (1985 г.), на верфях СССР – НИС «Базальт», НИС «Луговое» (1986 г.) и НИС «Профессор Гагаринский» (1987 г.).

В 1988 году, в соответствии с Постановлением Президиума ДВО АН СССР от 12 июля 1988 года и Распоряжением Дальневосточного отделения АН СССР от 3 августа 1988 года, на базе Отдела научно-исследовательского флота было создано Управление научно-исследовательского флота Дальневосточного Отделения Академии наук СССР (УНИФ ДВО АН СССР), как самостоятельная организация с подчинением Президиуму ДВО АН СССР. Целью создания Управления было повышение эффективности использования научно-исследовательского флота, обеспечение должной эксплуатации безопасности мореплавания, своевременного качественного ремонта научно-исследовательских судов, их материально-технического снабжения, укомплектования плавсостава высококвалифицированными кадрами и совершенствование организации службы на судах.

С 14 декабря 1991 г. УНИФ ДВО АН СССР числится в составе Дальневосточного отделения Российской академии наук (ДВО РАН) с полным наименованием: Государственное учреждение - Управление научно-исследовательского флота Дальневосточного отделения Российской Академии наук (ГУ УНИФ ДВО РАН). Согласно утвержденной структуре Управления в тот период времени, накануне распада СССР, плавсостав состоял из 23 судов.

В период 2009 – 2010 года произведен капитальный ремонт причального фронта Причала № 44 «В» ДВО РАН. В связи с вводом в действие «Плана охраны Вспомогательного терминала УНИФ ДВО РАН» (Причала № 44 «В») на территории причала установлен режим обеспечения транспортной безопасности, отвечающий требованиям Международного кодекса ОСПС, смонтирована и установлена система видеонаблюдения и сигнализации, не допускающая несанкционированное проникновение на причал людей и транспортных средств. Охрану причала стало осуществлять специализированное подразделение Минтранса РФ.

С 1 января 2010 года Управление получило новое именование - Учреждение Российской академии наук Управление научно-исследовательского флота Дальневосточного отделения РАН (УНИФ ДВО РАН).

С 1 января 2012 года УНИФ ДВО РАН было переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение научного обслуживания Управление научно-исследовательского флота Дальневосточного отделения Российской академии наук (УНИФ ДВО РАН).

С момента образования Управления флота научно-исследовательские суда выполняли научные рейсы по планам ДВНЦ АН СССР и в дальнейшем Дальневосточного отделения Российской академии наук, как с участием отечественных научных учреждений, так и с иностранными научными организациями.

С 30 ноября 2021 года, в соответствии с Приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, Управление научно-исследовательского флота получило наименование Национальный оператор научно-исследовательского флота (НацОНИФ). На текущий момент времени НИЦОНИФ является уникальным единственным оператором научного флота Министерства науки и высшего образования Российской Федерации с перспективой объединения всего научного флота, использующегося в подведомственных Министерству организациях.

Флот НацОНИФ по структуре и техническим характеристикам в основном состоит из многоцелевых судов неограниченного района плавания. Это научно-исследовательские суда «Академик М.А. Лаврентьев», «Академик Опарин», «Профессор Гагаринский», «Профессор Богоров» и «Луговое». Научно-исследовательские суда этой группы совершили несколько десятков дальних морских походов и обеспечили проведение фундаментальных исследований мирового океана. Так, научно-исследовательское судно «Профессор Богоров» работало в Атлантическом, Индийском и Тихом Океанах и более чем в десятках морей Мирового океана. Оснащенность лабораторий судна современными приборами и аппаратурой позволило специалистам институтов Дальневосточного отделения Российской Академии наук произвести многочисленные исследования, в том числе и фундаментального характера, по различным направлениям в области физики океана, геохимии океана, геофизики, геологии, разработки методов и средств изучения и освоения океана и т.д. За более чем тридцатипятилетнюю экспедиционную деятельность за кормой судна остались сотни тысяч морских миль и десятки портов разных стран. Каждый научный рейс был до предела насыщен исследованиями в познании тайн Мирового океана. В период научного рейса в 1977 году, продолжительностью 105 суток, была осуществлена работа на 431 станции, в том числе 56 буйковых станций. Во время заходов НИС «Профессор Богоров» в иностранные порты судно посещали представители администраций, дипломатических миссий, ученые и общественные деятели. 5 марта 1977 года судно посетила делегация океанографического института Монако во главе с его директором Жаком Ивом Кусто, в составе делегации был и его сын Филипп Кусто. В 1978 году во главе правительственной делегации на судне находился Генеральный секретарь ЦК КПСС Председатель Президиума Верховного Совета СССР Л.И. Брежнев.

В разные годы Отдел научно-исследовательского флота, а впоследствии Управление научно-исследовательского флота возглавляли:

АНИСОВ Андрей Андреевич, 1973 – 1976 г.г.
ЛОГИНОВ Михаил Иннокентьевич, 1976 – 1985 г.г.
ПЕТРОШЕВСКИЙ Юрий Александрович, 1986 – 1988 г.г.
ЗУБКОВ Виктор Васильевич, 1990 – 1991 г.г.
ШИМАН Артур Адольфович, 1991 – 2002 г.г.
РЫЖОВ Михаил Викторович, 2002 – 2003 г.г.
НАЗАРОВ Анатолий Николаевич 2003 г.
МУДРОВ Дмитрий Юрьевич, 2003 – 2007 г.г.
ЛАБЮК Федор Исаакович, 2007 - 2014 г.г.
СУХОВ Сергей Николаевич, 2014 – 2015 г.г.
АНТОНОВ Владимир Олегович, 2015 – 2017 г.г.
ЖЕКОВ Сергей Викторович, 2017 – 2018 г.г., а также с 19.11.2019 по 22.04.2021 г.
МЕЛЬНИКОВ Алексей Владимирович, с 23.04.2021 по 29.11.2021 г.
30.11.2021 г. директором вновь созданного Национального оператора научно-исследовательского флота назначен Мельников Алексей Владимирович.

В настоящее время возглавляет МЕЛЬНИКОВ Алексей Владимирович.